Основными загрязняющими веществами для этой реки являются БПК5, медь и цинк, загрязнение которыми является «характерным».

В 2005 году превышение ПДК в воде реки Мзымта наблюдалось по 6 ингредиентам химического состава воды.

Средний коэффициент комплексности составил 20.5%, что свидетельствует о среднем уровне загрязненности воды реки Мзымта в течение всего года.

Загрязнения по железу общему – «устойчивое», по нефтепродуктам - уровень «низкий».

Класс чистоты – 3а, весьма загрязненная.

В 2006 году превышение ПДК в воде реки Мзымта наблюдалось по 3 ингредиентам химического состава воды.

Средний коэффициент комплексности составил 20,5 %, что свидетельствует о среднем уровне загрязненности воды реки Мзымта в течение всего года.

Класс чистоты – 3а, загрязненная.

В 2007 году превышение ПДК в воде реки Мзымта наблюдалось по 3 ингредиентам химического состава воды.

Средний коэффициент комплексности составил 19,2 %, что свидетельствует о среднем уровне загрязненности воды реки Мзымта в течение всего года.

Класс чистоты – 2, слабо загрязненная.

В 2008 году превышение ПДК в воде реки Мзымта наблюдалось по 5 ингредиентам химического состава воды.

Средний коэффициент комплексности составил 25.6 %, что свидетельствует о среднем уровне загрязненности воды реки Мзымта в течение всего года.

Загрязнение по железу общему и нефтепродуктам – «устойчивое».

Класс чистоты – 3а, загрязненная.

Следует отметить, что для всех рек Черноморского бассейна загрязнение медью и цинком является «характерным», оценочный балл по повторяемости равен 4, не исключая фоновый створ р.Лаура. Это свидетельствует об отсутствии связи между загрязнением и антропогенным воздействием на качество воды в реках, и является следствием того, что реки этого бассейна берут свое начало в горах, сложенных из пород, содержащих полиметаллические руды.